海洋污染監(jiān)控與防治子系統(tǒng)主要用于全面掌握我國入海污染源基本信息；根據(jù)業(yè)務(wù)化監(jiān)測資料對全國入海排污口、入海江河等污染源及其鄰近海域進(jìn)行評價；以總量控制/減排方案和監(jiān)測評價為基礎(chǔ)，對入海污染源達(dá)標(biāo)/減排目標(biāo)進(jìn)行的實時監(jiān)控；通過接入國家和地方建立的入海污染源實時自動監(jiān)測系統(tǒng)，建立預(yù)警機(jī)制，對違規(guī)排污發(fā)出報警信號。

海洋污染監(jiān)控與防治子系統(tǒng)包括入海污染源管理、入海污染源狀況評價、總量控制與減排管理、入海污染源在線監(jiān)控4個一級功能模塊。